16S rRNA遺伝子のアンプリコン解析
16SRRNAいでんしのあんぷりこんかいせき
16S rRNA遺伝子は細菌間で広く塩基配列が保存されているが，V1からV9までの9つの可変領域があり，その前後のコンセンサス領域の塩基配列をプライマーに用いることで，これらの可変領域の遺伝子断片をPCRで増幅することができる．リード長が短いこれまでの次世代シークエンサーではV1からV9のすべてを含む16S rRNA遺伝子全長の解読ができないため，通常はV1-V2やV3-V4などの特定のコンセンサス領域を選んで増幅した遺伝子断片（アンプリコン）の解読結果をもとに細菌叢解析が行われている．ショットガンシークエンスによって全遺伝子解読を行うメタゲノム解析としばしば混同されるが，16S rRNA遺伝子のメタアンプリコン解析とメタゲノム解析は厳密には区別される必要がある．（実験医学2021年10月号より）
口腔細菌叢の特性・多様性実験医学2021年10月号解説は発行当時の掲載内容に基づくものです
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